Ông Nguyễn Văn HùngếdoanhnghiệptrongdoanhnghiệpGánhnặngképvàbàihọctừthựctếcháo lòng gần đây。giám đốc một công ty sản xuất bao bì tại Bình Dương， vừa nhận thông báo truy thu thuế doanh nghiệp hơn 1，2 tỷ đồng. Nguyên nhân: cơ quan thuế xác định khoản chi phí thuê đất của công ty con không được trừ khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) của công ty mẹ. Câu chuyện này không hiếm. Nhiều doanh nghiệp Việt Nam đang đối mặt với tình trạng “thuế doanh nghiệp trong doanh nghiệp” – tức là các nghĩa vụ thuế chồng chéo giữa công ty mẹ và công ty con， hoặc giữa các đơn vị trực thuộc có tư cách pháp nhân độc lập.Thực tế， thuế doanh nghiệp trong doanh nghiệp không phải khái niệm chính thức trong luật thuế Việt Nam. Nó mô tả hiện tượng một tập đoàn phải nộp thuế TNDN hai lần cho cùng một khoản thu nhập: lần đầu ở công ty con， lần sau ở công ty mẹ khi nhận cổ tức hoặc chuyển giá. Luật thuế TNDN hiện hành quy định thu nhập từ cổ tức được miễn thuế nếu công ty mẹ sở hữu ít nhất 20% vốn của công ty con. Nhưng trên thực tế， nhiều doanh nghiệp vẫn bị đánh thuế do không đáp ứng điều kiện về thời gian nắm giữ hoặc do cơ cấu sở hữu phức tạp qua nhiều tầng. Bà Trần Thị Mai， kế toán trưởng một tập đoàn dệt may tại TP.HCM。cho biết: “Chúng tôi mất gần ba tháng giải trình với cơ quan thuế về khoản thu nhập từ công ty con ở Long An. Họ nói rằng khoản thuế doanh nghiệp trong doanh nghiệp là hợp lý vì công ty con chưa nộp đủ thuế trước khi chia lợi nhuận”Vấn đề còn nằm ở cách xác định giá chuyển nhượng. Khi công ty mẹ cung cấp dịch vụ quản lý cho công ty con， khoản phí này phải chịu thuế TNDN tại cả hai nơi nếu không có thỏa thuận trước. Một khảo sát của VCCI năm 2023 cho thấy 37% doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài gặp khó khăn với thuế doanh nghiệp trong doanh nghiệp， chủ yếu do thiếu hướng dẫn cụ thể về phân bổ chi phí. Ông Hùng kể thêm: “Chúng tôi thuê một công ty kiểm toán độc lập để xác định giá dịch vụ nội bộ， nhưng cơ quan thuế vẫn bác bỏ vì cho rằng mức phí quá thấp so với mặt bằng”

Điều đáng nói là thuế doanh nghiệp trong doanh nghiệp không chỉ là câu chuyện của các tập đoàn lớn. Các doanh nghiệp vừa và nhỏ có mô hình công ty mẹ – con cũng dễ rơi vào bẫy này. Một chủ doanh nghiệp ngành xây dựng tại Hà Nội chia sẻ: “Tôi thành lập công ty con để quản lý từng dự án， nhưng khi kết chuyển lợi nhuận về công ty mẹ， tôi bị tính thuế TNDN 20% trên khoản đã nộp ở công ty con. Hỏi cán bộ thuế thì được trả lời rằng phải làm thủ tục hoàn thuế， nhưng hồ sơ yêu cầu quá nhiều giấy tờ”Giải pháp cho vấn đề này không đơn giản. Một số doanh nghiệp chọn cách hợp nhất toàn bộ hoạt động dưới một pháp nhân duy nhất để tránh thuế chồng thuế， nhưng điều đó làm mất tính linh hoạt trong quản lý dự án. Số khác tìm đến các chuyên gia tư vấn thuế để xây dựng cơ cấu sở hữu phù hợp， chấp nhận chi phí ban đầu cao. Theo tôi， cơ quan thuế cần sớm ban hành hướng dẫn rõ ràng về thuế doanh nghiệp trong doanh nghiệp， đặc biệt là cơ chế khấu trừ thuế đã nộp ở công ty con và quy trình hoàn thuế tự động. Nếu không。các doanh nghiệp sẽ tiếp tục mất thời gian， tiền bạc và niềm tin vào môi trường đầu tư.